Согласно справки в программе к документу «Корректировка стоимости номенклатуры»
«При выполнении регламентной операции формируются корреспонденции счетов по корректировке стоимости списания МПЗ. Это необходимо для тех случаев, когда:
дополнительные расходы включаются в стоимость МПЗ после их списания,
при применении метода По средней. В течение отчетного периода сумма списания материальных ценностей рассчитывается по средней скользящей. При выполнении регламентной операции формируется корректирующие записи на разницу между средней скользящей и средней взвешенной.
Для организаций, применяющих ПБУ 18 "Учет расчетов по налогу на прибыль", и для организаций, уплачивающих налог на прибыль, сумма корректировки рассчитывается аналогично бухгалтерскому учету.
Не корректируется стоимость:
товаров, если она рассчитана в "1С:Управление торговлей";
товаров, материалов, продукции при передаче их в обособленное подразделение;
партий материалов, переданных в эксплуатацию.»
Т.е. непосредственно в справке документа указано, что не происходит корректировка партий материалов, переданных в эксплуатацию. Разработчики рекомендуют такие суммы досписывать вручную.